W połowie XVI wieku, wg opisu ks. Jana Wiśniewskiego zawartego w książce Historyczny opis kościołów, miast, zabytków i pamiątek, doszło w naszym regionie do poważnych zmian wyznaniowych. Dotarła tu reformacja. Właściciele w swoich dobrach zmieniali religię.
“Słynny kacerz Stanisław Szafraniec, kościół w Przegini, jak i inne świątynie w swem dziedzictwie obrabował i na zbór zamienił. Zborem w Przegini zawiadował kacerz zamieszkały w Sułoszowie”.
Z innych źródeł dowiadujemy się, że parafianie przed zamianą kościoła na zbór zdołali ukryć paramenty liturgiczne kościoła u Walentego Syguły w Przegini, a w Kosmolowie dwa ornaty koloru czerwonego i płaszcz liturgiczny u Walentego Chwila. Między parafianami zachował się kielich. Ocalała również sygnaturka i dzwony.
Władze kościelne przypisały wiernych z parafii Przeginia do parafii Gołaczewy w gminie Wolbrom. W tej parafii mogli korzystać z wszelkich posług religijnych. Nasuwa się pytanie, dlaczego nie do Racławic, które są znacznie bliżej? Do Jerzmanowic nie, ponieważ do naszej parafii zostali przypisani wierni z parafii Sułoszowa i Sąspów.
Wg ks. Jana Wiśniewskiego “Stanisław Szafraniec kościół w S. [Sułoszowej; przyp. red.] złupił i zamienił na zbór ariański, którym zarządzał cysters jędrzejowski. Wierni pozbawieni kościoła katolickiego w swej parafii, chodzili na nabożeństwo do Jerzmanowic”. W 1579 r. ministrem był tam Jan Kostecki, dziesięć lat później Franciszka Stankara, a następnie Łukasz oraz Stanisław z Kosowa. Odległość do Jerzmanowic powodowała, że przejście pieszo tam i z powrotem trwało nawet ponad cztery godziny. Można sobie wyobrazić utrudnienia dla wiernych, którzy bez względu na pogodę decydowali się na udział w Mszy św. w niedziele i święta. Podobnie było z posługami religijnymi jak chrzest, komunia św., bierzmowanie, zawarcie związku małżeńskiego, czy pogrzeb.
O parafii sąspowskiej ks. Jan Wiśniewski pisze: “W XVI w. Stanisław Szafraniec, dziedzic, kacerz, kościół ze wszystkiego złupił. W 1595 r. kościół był w posiadaniu herezjarchy Melchiora ze Skrzyczna, kapłana odstępcy, który całe uposażenie plebana posiadł. Lud uczęszczał do kościoła w Jerzmanowicach”.
Inaczej potoczyły się losy parafii w Jerzmanowicach, która nie należała do prywatnych właścicieli, lecz, wraz z Gotkowicami, do starostwa ojcowskiego, będącego królewszczyzną. Przywilejem z 5 lutego 1536 r. król Zygmunt I Stary nadał starostwo ojcowskie i przyległe ziemie w dożywotnią posesję królowej Bonie. Po śmierci króla (1 kwietnia 1548 r.) Bona przeniosła się na Mazowsze, powierzając zarząd nad starostwem Stanisławowi Płazie.
Pomimo że 1 lutego 1556 r. Bona opuściła Polskę i zrzekła się wszelkich dóbr w naszym kraju, Stanisław Płaza nadal dzierżawił starostwo ojcowskie. Jako zagorzały kalwinista zapewne marzył, aby kościół w Jerzmanowicach przekształcić w zbór. Ponieważ nie był właścicielem, tylko dzierżawcą starostwa ojcowskiego – nie miał jednak takich uprawnień. W dodatku król Zygmunt August wydał w 1557 r. edykt zabraniający przekształcania świątyń katolickich w protestanckie zbory. Dzięki temu parafia w Jerzmanowicach pozostała wierna Stolicy Piotrowej, czyli semper fidelis! Sąsiednie parafie nie miały takiej możliwości.
Starosta zabraniał jednak płacenia dziesięciny dla Kościoła, chcąc go zniszczyć ekonomicznie. Kościół w Jerzmanowicach w tych czasach, przez parę pokoleń, obsługiwał trzy parafie, w tym olbrzymią Sułoszowę. Stary kościół drewniany, wówczas pod wezwaniem śś. Jakuba i Bartłomieja, wg wizytatora ks. Stanisława Ptaszyńskiego, w r. 1783 miał wymiary 36×10 łokci, co w przeliczeniu na stopy, cale i metry wynosi 22×6 m, czyli 132 metry kwadratowe. Nie była to więc komfortowa powierzchnia dla trzech parafii, a stan taki istniał przez kilka dziesięcioleci.
Parafia Jerzmanowice w 1602 r. została powiększona o wieś Łazy, którą, na prośbę mieszkańców Łaz, ks. bp krakowski Bernard Maciejowski przeniósł z parafii Bolechowice, z powodu znacznej odległości między tymi wsiami. Takie poważne zmiany religijne następowały przed 500 laty, w czasach gdy w 1525 r., 10 kwietnia, w Krakowie, hołd lenny królowi polskiemu Zygmuntowi I Staremu został złożony przez księcia w Prusach Albrechta Hohenzollerna. Stało się to po traktacie krakowskim, gdy Prusy Zakonne zostały przekształcone w Księstwo Pruskie, jako lenno Królestwa Polskiego, i ostatni wielki mistrz zakonu krzyżackiego Albrecht Hohenzollern przyjął wyznanie luterańskie.
